Trong Thế chiến II, do mối đe dọa đến từ Nhật Bản ngày càng tăng tại biên giới Mông Cổ-Mãn Châu Quốc, Liên Xô đã đảo ngược quá trình xây dựng chủ nghĩa xã hội ở Mông Cổ với việc ủng hộ một chính sách kinh tế mới theo phương pháp tiệm tiến và xây dựng quốc phòng. Hồng quân Liên Xô và Mông Cổ đã đánh bại các lực lượng Nhật Bản xâm chiếm miền đông Mông Cổ vào mùa hè năm 1939 trong trận Khalkhin Gol, và thỏa thuận ngừng bắn đã được ký kết theo đó thiết lập nên một ủy ban để xác định biên giới Mông Cổ-Mãn Châu Quốc vào mùa thu năm đó.

Sau năm 1941, kinh tế Mông Cổ đã được điều chỉnh để có thể hỗ trợ Liên Xô mọi cách có thể, bao gồm cả việc cung cấp tài trợ cho một số đơn vị quân đội Xô viết. Vào mùa hè năm 1945, Liên Xô đã sử dụng Mông Cổ làm căn cứ cho chiến dịch Mãn Châu và đã đánh bại được quân Nhật. Các hoạt động xây dựng trước đó đã đưa 650.000 lính Xô viết đến Mông Cổ cùng với một số lượng lớn thiết bị. Quân đội Nhân dân Mông Cổ đóng vai trò giới hạn trong xung đột, nhưng nó đã giúp Stalin có phương tiện để buộc phía Trung Quốc phải công nhận nền độc lập của Mông Cổ.